毕设的题目终于定下来了：基于新一代测序技术（SOLiD）的全基因组序列拼装技术。前几天吴老师说想把中大那边刚出来的水稻和红树的数据给我分析，但生物信息部的老师们讨论了下觉得数据量太大，而且没有具体的问题可供讨论分析，所以安排给我这样一个题目。虽然看起来写一个assembler不那么“生物”，可是对我而言做实验也是不生物的事情，毕竟都已经把人家打开并且把DNA亦或是蛋白给提出来了。这次要用BIG的平台拼一个细菌和一个真菌的基因组，assemble的过程会用到很多的算法，接到这样一个题目肯定能得到很好的训练。
以前没去BIG之前总以为BIG塞满了各种各样高通量的测序仪，周二吴老师来师大宣讲时才发现除了solexa以外只有一台SOLiD，454还在中大那边。其实也不奇怪，SOLiD是07年才上市的测序仪，跑完一个人类的基因组只需要三天，根本无需那么多仪器。一台SOLiD需要600,000刀，多买了如果没有材料放进去完全是在烧钱。然而BIG的计划是会再买几台SOLiD，毕竟国家还是拨了很多钱投入基因组学的研究。
这几天一直都是Devan在带我，毕设也应该是他指导了（不知道他起这样一个名字是不是喜欢梵高）。Devan一直都很关照我，对于我这种交流被动性的人很适合= =（啊，其实我只是认生而已）。来的这几天已经学到不少东西，今天基本上已经用velvet把SOLiD测序出来的短片段拼出来了。Velvet是EBI写的一个拼接SOLiD短片段的程序，今年2月刚刚发表在Genome Research上，之前我一直以为计算能发表的最高的刊物是Nucleic Acid Research，不过能发GR应该多多少少是和EMBL-EBI有关。我觉得Devan不会要求我能发表什么文章，只要安安全全的把基因组拼对就行了~可是我想自己发的第一篇文章一定要是SCI。
吴老师周二宣讲了一些对Genomics的前瞻。其实从BIG和BGI（华大基因）分家也许就意味着国内基因组学研究理论和技术的分家。11月在Nature上发表的第一个亚洲人二倍体基因组测序结果主要都是华大做的，领衔的Dr. 王俊现在也不在BIG的旗下。 现在任何一本基因组学的书花了很大的篇幅在测序、组装、基因组注释（sequencing & assembly & annotation），其实这和分子克隆实验手册一样，protocol是不应该写进理论教科书的。也许不久，对于一些技术层次的东西，基因组学的标准教程只会在开头介绍一些最基本的原理，然后马上进入到更有意思更生物的东西。吴老师马上要开展的的cancer cell evolution & human cell community不仅会为BIG铺上更生物的外衣，也会带来更有活力的本质性的东西。现在基因组学需要很多开创性的研究来作为基石，我想很多研究所都在孕育这些新的东西。
“如果给你免费测10G的序列，你会用它来干嘛？”
12月的Science American讲了一个非常有吸引力的问题：HIV病毒的进化。作者通过计算HIV基因组的进化速度建立数学模型来说明人体的免疫系统为什么不能击败HIV。 计算结果表明HIV十年的进化速度相当于人类100万年的进化速度。一直以来，讲到进化就会直接联系到比较大的时间尺度，其实进化生物学家在思考的一直是变化的东西。仅仅从这方面讲evolution就不应翻译为“进化”而应该是“演化”。HIV和人的对抗是一个非常适合用进化思想来理解的问题：单链RNA + 逆转录酶的高错误率首先使HIV从化学本质上就易发生突变（HIV由两条相同的单链RNA组成）；其次，HIV的基因组较小（9.7kb），这样突变发生在抗原表位上的概率就比其它的细菌或真菌要大的多，一旦突变发生在抗原表位上，使人体免疫系统不能识别抗原表位，该种HIV就会大量吞噬辅助T细胞从而击溃免疫系统。HIV和人的关系是一个非常规生态关系，HIV甫进入人体时抗原表位是可能被免疫系统识别的，这时HIV是有可能被免疫系统识别且抑制的（这也是因为有些人的AIDS潜伏期较长的原因之一），这个时候免疫系统是捕食者（predator）；然而一旦HIV形成了不能被免疫系统识别的突变体，自身就成了强力的predator而且会指导T细胞攻击辅助T细胞，免疫系统的能力很快就会下降至零。其实这样的问题和Genomics是绝配，如果我们连续抽取AIDS病人中的HIV病毒并且测序，通过序列的变化来分析HIV病毒的进化，这样的分析是很有必要的。基因组学能给我们带来的东西将远超我们想象所及。
Thursday, December 25, 2008
Wednesday, December 3, 2008
Java First Day
装了JDK1.6，修改环境变量配置：
右键我的电脑，属性->高级->环境变量->系统变量；
新建变量JAVA_HOME，变量值为Java安装路径（我的是 D:\Development\Java\jdk1.6.0_02）
修改PATH，变量值：%java_home%\bin;%java_home%\jre\bin
修改CLASSPATH，变量值：.;%java_home%\lib;%java_home%\lib\tools.jar
Done.
检查Java是否安装好，在命令提示行键入java -version，显示版本号。
结果程序仍然不能编译运行。
仔细检查一下，两个及其弱智的错误..
代码中声明的class是MyFirstApp，结果文件名写成了MyFisrtApp.java；
修改后编译成功，运行：
主要是按tab键自动补充就成了
java MyFirstApp.class
正确的是
java MyFirstApp
如此低级错误，唉..
开始好好学Java。
右键我的电脑，属性->高级->环境变量->系统变量；
新建变量JAVA_HOME，变量值为Java安装路径（我的是 D:\Development\Java\jdk1.6.0_02）
修改PATH，变量值：%java_home%\bin;%java_home%\jre\bin
修改CLASSPATH，变量值：.;%java_home%\lib;%java_home%\lib\tools.jar
Done.
检查Java是否安装好，在命令提示行键入java -version，显示版本号。
结果程序仍然不能编译运行。
仔细检查一下，两个及其弱智的错误..
代码中声明的class是MyFirstApp，结果文件名写成了MyFisrtApp.java；
修改后编译成功，运行：
主要是按tab键自动补充就成了
java MyFirstApp.class
正确的是
java MyFirstApp
如此低级错误，唉..
开始好好学Java。
Tuesday, November 11, 2008
Monday, October 27, 2008
谢谢你
二十二载岁月，从不相信任何他人施予的惊喜会在自己身上发生，直至最后一日。
当小胖带我去信科院地下室取东西时，我从未想过那扇门后面有任何玄机；当晨成从门后推出蛋糕时，自己霎时间怔了，突然忘了眼前这个笑的如此灿烂的小孩是谁。
音响里放着阿甘正传的主题曲。
笑脸，蛋糕，蜡烛，音乐，一切都定格。
觉得这辈子都不会忘记那张灿烂的笑脸，和阿甘的音乐。
收到短信们。有祝在北京的最后一个生日快乐的，有祝去广州还能快乐的生活的。
几天为食物的奔波，不知道金凤呈祥，雕刻时光，沸腾鱼乡，围炉夜话，这些熟悉的名字，在一个遥远的南方城市是否会变成遥远的回忆。
来北京之前，从没有奢望在大学能拥有一群言之无禁忌的死党们。四年后，看着蛋糕上的好兄弟三个字，突然很想哭。
谢谢你们。希望你们永远能像今天一样开心。
无论明年今日我们是否相聚。
这个在小而温暖的地下室，三个人的生日party，学会了相信。
当小胖带我去信科院地下室取东西时，我从未想过那扇门后面有任何玄机；当晨成从门后推出蛋糕时，自己霎时间怔了，突然忘了眼前这个笑的如此灿烂的小孩是谁。
音响里放着阿甘正传的主题曲。
笑脸，蛋糕，蜡烛，音乐，一切都定格。
觉得这辈子都不会忘记那张灿烂的笑脸，和阿甘的音乐。
收到短信们。有祝在北京的最后一个生日快乐的，有祝去广州还能快乐的生活的。
几天为食物的奔波，不知道金凤呈祥，雕刻时光，沸腾鱼乡，围炉夜话，这些熟悉的名字，在一个遥远的南方城市是否会变成遥远的回忆。
来北京之前，从没有奢望在大学能拥有一群言之无禁忌的死党们。四年后，看着蛋糕上的好兄弟三个字，突然很想哭。
谢谢你们。希望你们永远能像今天一样开心。
无论明年今日我们是否相聚。
这个在小而温暖的地下室，三个人的生日party，学会了相信。
Saturday, September 27, 2008
So far
1. 拿到了NUS的offer，免学费月补助巨高的那个，被推荐参加和MIT合作的项目；
2. 早上八点在床上昏昏沉沉的接到关老师的电话，确定内保换外推无望后被引诱签下了放弃保研协议；
3. 决定带着这个offer考研，因为中大那边说过了国家线就可以。
这是一个月前我绝对想不到的三个结果...
昨天的interview，最后老爷爷说提供给我offer的三个原因：
1. You are very good at computation; ....
2. You are very interesting in system biology; ....
3. You are a basketball captain; Because.....（当时太惊讶了以至于没听懂..）
说真的，这半个月就折腾这事都没有好好打篮球...先去打球去。
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2. 早上八点在床上昏昏沉沉的接到关老师的电话，确定内保换外推无望后被引诱签下了放弃保研协议；
3. 决定带着这个offer考研，因为中大那边说过了国家线就可以。
这是一个月前我绝对想不到的三个结果...
昨天的interview，最后老爷爷说提供给我offer的三个原因：
1. You are very good at computation; ....
2. You are very interesting in system biology; ....
3. You are a basketball captain; Because.....（当时太惊讶了以至于没听懂..）
说真的，这半个月就折腾这事都没有好好打篮球...先去打球去。
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Dear Lu Yang,
Thank you for your participation of the interview yesterday and I was very impressed by your excellent academic records. Here I would like to give you our preliminary offer of NUS scholarship for your Ph.D studies in Department of Biological Sciences, National University of Singapore, starting from August 2009.
To complete the application, you will need to submit your application formally through our website http://www.science.nus.edu.sg/
After you submit your application online, you will be asked to submit the following documents if applicable,
- completed application form
- transcript
- two reference letters
- award certificates
- publications
- any other supporting materials
For the information about Department of Biological Science and research activities, please visit http://www.dbs.nus.edu.sg/
For further inquiry, you may contact me by email. For other students not in the list, early-offer could also be made in early October or later if there are more scholarships left.
I hope to welcome you all in Singapore next year.
In addition, I would also recommend your admission to the CSB program under Singapore-MIT Alliance. Prof .Hanry Yu, presently the active program leader might visit Beijing in Oct and I would ask him to interview you to confirm your admission.
With best regards
Hew Choy Leong
Professor
Tuesday, September 16, 2008
Wake me up when September ends
零五年的秋天，第一次听。在那个对千家街的感情占满了的年代，除了伤感还是伤感。
看着一个又一个人的人写起这首歌。
想念了，忘记了，熟识了，陌生了。
那一段过门的bass 绚烂的如生命最后的爆发
每次至此 禁不住想起曾经迷恋金属的日子
内心早已泪流满面
那一段形容punk精神的话怎么说来着
Live fast, die young.
翻译过来，竟是
生如夏花。
小心不陷入青春的狂欢
只是为了明哲保身
骨子里，和大多数躁动的人一样，流满了摇滚的叛逆血液。点火就开始燃烧。
躁动的一如四年前的冬天，某个早晨，半蹲在地上，哭的泣不成声。
看着一个又一个人的人写起这首歌。
想念了，忘记了，熟识了，陌生了。
那一段过门的bass 绚烂的如生命最后的爆发
每次至此 禁不住想起曾经迷恋金属的日子
内心早已泪流满面
那一段形容punk精神的话怎么说来着
Live fast, die young.
翻译过来，竟是
生如夏花。
小心不陷入青春的狂欢
只是为了明哲保身
骨子里，和大多数躁动的人一样，流满了摇滚的叛逆血液。点火就开始燃烧。
躁动的一如四年前的冬天，某个早晨，半蹲在地上，哭的泣不成声。
Tuesday, September 9, 2008
Sloppy
这两天懒到了极致，PS之类是拖了又拖。暂时不想看概率论和线代。
xiaqing说，大四是这样的，习惯了就好了。
每天都很想很想篮球网球甚至乒乓球，可是雨是下了又下，大三的小朋友们还在上课。
很早就订了两张中网的票，现在却不知和谁去。当时只是想不会一个人去，总会找到人去的。
预约了首博的三个位置。除了美术展览，从来都没对任何展览来过电。院长上个月来北京旅游时因此事把我大骂一通，她老人家在北京去过的博物馆比我还要多。
在家里的鼓励下预订了X61，为什么总喜欢从没有感情的东西中寻找慰藉。我从来学不会爱上美剧来打发时间。
#--------------------------------------------------------------------------------
注册那天，三人小啜。xy小朋友说，你留下来吧你留下来吧，在北京多好啊。cc小朋友说，一看她就不会留下来，看她对那个老师崇拜的样子。
八月的某天晚上，和lrc走在空空荡荡的京师广场，她说，留在北师大多好啊。
MD，我留下来了，后年这个时候，我又能留住你们中的谁呢？
为什么你们不早点说留下？那个时候我会听的。即使是无心说说，我也会傻到极致的听的。
太晚了。
"I've never been so determined before."
xiaqing说，大四是这样的，习惯了就好了。
每天都很想很想篮球网球甚至乒乓球，可是雨是下了又下，大三的小朋友们还在上课。
很早就订了两张中网的票，现在却不知和谁去。当时只是想不会一个人去，总会找到人去的。
预约了首博的三个位置。除了美术展览，从来都没对任何展览来过电。院长上个月来北京旅游时因此事把我大骂一通，她老人家在北京去过的博物馆比我还要多。
在家里的鼓励下预订了X61，为什么总喜欢从没有感情的东西中寻找慰藉。我从来学不会爱上美剧来打发时间。
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注册那天，三人小啜。xy小朋友说，你留下来吧你留下来吧，在北京多好啊。cc小朋友说，一看她就不会留下来，看她对那个老师崇拜的样子。
八月的某天晚上，和lrc走在空空荡荡的京师广场，她说，留在北师大多好啊。
MD，我留下来了，后年这个时候，我又能留住你们中的谁呢？
为什么你们不早点说留下？那个时候我会听的。即使是无心说说，我也会傻到极致的听的。
太晚了。
"I've never been so determined before."
Friday, September 5, 2008
8/26-31, Shanghai
零三年的时候，我和熊以及某人约定大学在上海一起租间小房子，过“你做饭，她做菜，我吃现成的”生活。次年，计划自然流产。第二年，其中两人分别去了北京。第三年，第三个人从上海去了四川。
飞机在浦东机场降落前的那一段，我一直在想这个段子。一直以为会念念不忘的那些事，在不知不觉中就忘掉了；以为早已忘掉的那些事，却在某个时刻幡然想起。
“每个人都是一本糊里糊涂的流水账。如果有人还记得他，就拿出来翻翻。”
飞机在浦东机场降落前的那一段，我一直在想这个段子。一直以为会念念不忘的那些事，在不知不觉中就忘掉了；以为早已忘掉的那些事，却在某个时刻幡然想起。
“每个人都是一本糊里糊涂的流水账。如果有人还记得他，就拿出来翻翻。”
Monday, August 25, 2008
Closing
散吧 散吧 都散了吧
走吧 走吧
一个个的
都走了
七年的准备和等待，十六天的狂欢和盛筵，梦一般癫狂
只不过梦醒之时，还有那金灿灿的记录和影像供我们怀念
一如三年前，hsy长长的荣誉榜
Live fast, die young.
清晨躺着床上，听着旅行箱的小轮渐行渐远的声音，一拨又一拨
在短信里都吝啬说再见
又要变成人烟稀少的状态吧，一如上个月返校的时候
“无何有之乡”
觉得自己的等待和慢性自杀无异
我自己也不过是个明天就要背上旅行包的人，有什么资格计较别人的离开？
无何有之乡
曾经以为自己已经坚强的可以一个人怡然自得
却发现无论如何都不会独自躺在大树下就能满足
这个可怜可笑的自己
似乎比任何一刻都接近真实
走吧 走吧
一个个的
都走了
七年的准备和等待，十六天的狂欢和盛筵，梦一般癫狂
只不过梦醒之时，还有那金灿灿的记录和影像供我们怀念
一如三年前，hsy长长的荣誉榜
Live fast, die young.
清晨躺着床上，听着旅行箱的小轮渐行渐远的声音，一拨又一拨
在短信里都吝啬说再见
又要变成人烟稀少的状态吧，一如上个月返校的时候
“无何有之乡”
觉得自己的等待和慢性自杀无异
我自己也不过是个明天就要背上旅行包的人，有什么资格计较别人的离开？
无何有之乡
曾经以为自己已经坚强的可以一个人怡然自得
却发现无论如何都不会独自躺在大树下就能满足
这个可怜可笑的自己
似乎比任何一刻都接近真实
Friday, August 22, 2008
Off from Beijing
会很快回来。
但是这一去，只是为了今后的五年的离开。
似乎我所有的纠结，只是缘于
我所贪恋的那些幸福感，唾手可得。
只要留下便能得到。
我却没有选择他们。
至少现在是。
即便留下，也不会是因为他们的原因。
这种感觉，让我上大学第一次触到了心底的痛感。
吕小俊羡慕于他的老师和我是同一个老师的学生，自己却小心翼翼的回答说还没准。
他惊讶于我还会担心这些，说自从Emmons丢掉金牌后，自己很多事情都看开了。
担心么，其实很少去顾虑这两件事的结果。
累了，也根本不想争取。
看不开？四年来一直有个声音在对自己说：
似乎是因为自己太过犹豫，偶尔的想把选择权留给顺其自然。
一切都会好的。
一切都会好的。
无论结果如何。
就像在师大的这三年，一切都慢慢的好起来了。
一切都会好的。
但是这一去，只是为了今后的五年的离开。
似乎我所有的纠结，只是缘于
我所贪恋的那些幸福感，唾手可得。
只要留下便能得到。
我却没有选择他们。
至少现在是。
即便留下，也不会是因为他们的原因。
这种感觉，让我上大学第一次触到了心底的痛感。
吕小俊羡慕于他的老师和我是同一个老师的学生，自己却小心翼翼的回答说还没准。
吴老师还没完全答应收下我做学生；
并没有十足的把握拿到外推的名额。
他惊讶于我还会担心这些，说自从Emmons丢掉金牌后，自己很多事情都看开了。
担心么，其实很少去顾虑这两件事的结果。
累了，也根本不想争取。
看不开？四年来一直有个声音在对自己说：
很少有事情对于我来说，是真正重要的。
不会因为离开了某些人，生活就不能继续。
似乎是因为自己太过犹豫，偶尔的想把选择权留给顺其自然。
一切都会好的。
一切都会好的。
无论结果如何。
就像在师大的这三年，一切都慢慢的好起来了。
一切都会好的。
Thursday, August 21, 2008
Drink, but not drunk
昨晚去中财打篮球。
至一半时，发现挎包中的手机不翼而飞了。
沮丧至极，想必手机肯定是找不回来了，接着打球。低调到都没有告知一同打球的lirc小朋友。
现在想起来，自己都有点佩服自己。
后来至2 v 2时崴了左脚。对手是两个令人恼火的高中生，既没身体也没技术，过人简直是打摆子，若不是今天中投大失水准，我和lirc早就把对方干掉了。不过崴脚这一事也确实只能怪自己。
不似以前那般严重至一拐一拐的程度，但稍稍变向变会有韧带撕裂的感觉。伤的是支撑脚，投篮过人上篮都根本没法发力...看来又是几天没有办法剧烈运动了...
回来被lirc拐到一家川菜馆吃了顿炒饭，两人絮絮叨叨的聊着天，小朋友很兴奋，她每次打完球后必然是这样。结果是我们两个，曾经的师大女篮二队里最单纯的两个小朋友，去超市拿了四罐燕京。
本准备去木铎下面吹着风唠着嗑整到半夜回去的，结果又不大好打扰一对情侣，最后两个人并排坐到了关闭的物理楼的台阶上。
即便上了大学，也一直不喜欢也不习惯喝酒。即不喜欢这种饮品的口味也不敢想象喝醉时的状态。算来也只有三次例外。
第一次居然是CMB聚餐，不幸和林老师分到了一桌，这，不喝一点仿佛也不太符合餐桌的规矩。尤其是林老师一句令人汗颜的话“我们实验室的人，怎么能不喝酒呢？”虽然没有太多压力，但还是喝了，虽然不多，但发现自己似乎不是那么容易醉。因为一点感觉都没有....
再次应该是期末结束后，和晨成以及欣赟在北邮南门小吃街夜宵的时候。六月的时候，晨成一直心情极度低落，某次两人吃饭时邀我喝酒，被我拒绝后一个人闷头喝了一瓶。本来也不是很多，可是到寝室的时候她一个人默然坐在寝室楼下的台阶上，不动了。当时意识到自己可能错了，但直到lirc告诉我一个人喝酒是多么郁闷时，才认识到自己犯了大忌。所以期末那次也没有拒绝喝酒的提议。尤其令我惊异的是，外表天真浪漫的欣赟小师妹是个大酒鬼，被期末考试压迫了一个多月的她欣然提出一醉方休的方案，餐桌上两人联手欺压我，结果最后谁都没事。
似乎经历了上次，觉得朋友之间偶尔喝喝啤酒，叙叙事，倒也蛮合理的。于是这次喝酒的建议虽然是lirc小朋友先提出来的，我也鼓励了她一下。之后她一直愧疚自己带坏了一个好孩子，虽然这个小朋友比我还小三岁...
提着啤酒罐回来的路上，居然又和管院女篮的某教练撞了个满怀= =。作为管院队长的lirc小朋友，当时是估计百般感慨撞上心头...
两人坐在物理楼的台阶上，居然越喝越清醒，越聊话越多。虽然二队现在已经濒临解散了，毕竟一无硬件环境，二无匹配的教练以及相关团队，在专业一队的压迫下基本无校际的赛事可打，校内也很难找到练习的对手。但是认识了这么多朋友，确实是之前从未想过的幸运。球队也许只是一个普通的集体，但在我所有待过的集体中，只有这个团队才存在着没有条件的信赖与依靠，以及极大的理解和包容。两个专业基本不搭的人，在一起谈着毕业的打算，在学校的感受，下半年的明月杯，球队的战术，学校里各路高手打球的风格。
有些人借酒忘记一些事；有些，只是为了记住一些瞬间，给某些的记忆烙上特殊的符号。
至一半时，发现挎包中的手机不翼而飞了。
沮丧至极，想必手机肯定是找不回来了，接着打球。低调到都没有告知一同打球的lirc小朋友。
现在想起来，自己都有点佩服自己。
后来至2 v 2时崴了左脚。对手是两个令人恼火的高中生，既没身体也没技术，过人简直是打摆子，若不是今天中投大失水准，我和lirc早就把对方干掉了。不过崴脚这一事也确实只能怪自己。
不似以前那般严重至一拐一拐的程度，但稍稍变向变会有韧带撕裂的感觉。伤的是支撑脚，投篮过人上篮都根本没法发力...看来又是几天没有办法剧烈运动了...
回来被lirc拐到一家川菜馆吃了顿炒饭，两人絮絮叨叨的聊着天，小朋友很兴奋，她每次打完球后必然是这样。结果是我们两个，曾经的师大女篮二队里最单纯的两个小朋友，去超市拿了四罐燕京。
本准备去木铎下面吹着风唠着嗑整到半夜回去的，结果又不大好打扰一对情侣，最后两个人并排坐到了关闭的物理楼的台阶上。
即便上了大学，也一直不喜欢也不习惯喝酒。即不喜欢这种饮品的口味也不敢想象喝醉时的状态。算来也只有三次例外。
第一次居然是CMB聚餐，不幸和林老师分到了一桌，这，不喝一点仿佛也不太符合餐桌的规矩。尤其是林老师一句令人汗颜的话“我们实验室的人，怎么能不喝酒呢？”虽然没有太多压力，但还是喝了，虽然不多，但发现自己似乎不是那么容易醉。因为一点感觉都没有....
再次应该是期末结束后，和晨成以及欣赟在北邮南门小吃街夜宵的时候。六月的时候，晨成一直心情极度低落，某次两人吃饭时邀我喝酒，被我拒绝后一个人闷头喝了一瓶。本来也不是很多，可是到寝室的时候她一个人默然坐在寝室楼下的台阶上，不动了。当时意识到自己可能错了，但直到lirc告诉我一个人喝酒是多么郁闷时，才认识到自己犯了大忌。所以期末那次也没有拒绝喝酒的提议。尤其令我惊异的是，外表天真浪漫的欣赟小师妹是个大酒鬼，被期末考试压迫了一个多月的她欣然提出一醉方休的方案，餐桌上两人联手欺压我，结果最后谁都没事。
似乎经历了上次，觉得朋友之间偶尔喝喝啤酒，叙叙事，倒也蛮合理的。于是这次喝酒的建议虽然是lirc小朋友先提出来的，我也鼓励了她一下。之后她一直愧疚自己带坏了一个好孩子，虽然这个小朋友比我还小三岁...
提着啤酒罐回来的路上，居然又和管院女篮的某教练撞了个满怀= =。作为管院队长的lirc小朋友，当时是估计百般感慨撞上心头...
两人坐在物理楼的台阶上，居然越喝越清醒，越聊话越多。虽然二队现在已经濒临解散了，毕竟一无硬件环境，二无匹配的教练以及相关团队，在专业一队的压迫下基本无校际的赛事可打，校内也很难找到练习的对手。但是认识了这么多朋友，确实是之前从未想过的幸运。球队也许只是一个普通的集体，但在我所有待过的集体中，只有这个团队才存在着没有条件的信赖与依靠，以及极大的理解和包容。两个专业基本不搭的人，在一起谈着毕业的打算，在学校的感受，下半年的明月杯，球队的战术，学校里各路高手打球的风格。
有些人借酒忘记一些事；有些，只是为了记住一些瞬间，给某些的记忆烙上特殊的符号。
Tuesday, August 19, 2008
First time when we meet each other
突然想起：整个暑假和我一起骑车去中财打球，漫步在傍晚的新街口聊侃，发着短信消磨着炎热时光的几个人，是五个月前才认识的。
成为老友以后，总是怀念当第一次相遇时，彼此的那份生硬、未知和期待。揣摩着对方的性格，小心翼翼生怕冒犯了对方，却总是想不到未来的某天会成为谁也不给谁面子的朋友。
还是需要这样的朋友，不需要优秀，只要有理解和包容。
朋友就是当知晓对方所有的缺点后，还能不以为然的人。
人生中，有多少个值得回忆的第一次见面呢。
成为老友以后，总是怀念当第一次相遇时，彼此的那份生硬、未知和期待。揣摩着对方的性格，小心翼翼生怕冒犯了对方，却总是想不到未来的某天会成为谁也不给谁面子的朋友。
还是需要这样的朋友，不需要优秀，只要有理解和包容。
朋友就是当知晓对方所有的缺点后，还能不以为然的人。
人生中，有多少个值得回忆的第一次见面呢。
See you, 8/31, Guangzhou. :)
Saturday, August 16, 2008
Individual Tennis Men & China Open
昨日半决赛Djokovic负于Nadal，受刺激了；
今日企图收购一枚男单铜牌争夺战的票，被价格、假票以及非法转让等各种信息给吓住，放弃了；
连连受刺激
决定今年一定要去看中网，因为不知道明年这个时候还在不在北京。
今日企图收购一枚男单铜牌争夺战的票，被价格、假票以及非法转让等各种信息给吓住，放弃了；
连连受刺激
决定今年一定要去看中网，因为不知道明年这个时候还在不在北京。
Thursday, August 14, 2008
一日
昨天中了Trojan.PSW.onlinegames的一个变种木马，专杀工具后系统彻底的崩溃。
也懒得再去修复，重装了一个xp。前几日触摸板的单击双击均失灵、显示器上两条水平线的问题居然都消失了——本以为是硬件作孽，没想到是windows在闹腾。
重装后立即换了Mac的主题——是再也不想见到windows，眼不见心不烦，也许这种行为很好笑。现在手头太多的工作都要依赖windows——诚然，在Linux下都有好的解决方案，但现在显然不是最适合换个操作系统的时候。
等我买了新的本本.........
#------------------------------------------------------------------------
本本重装系统，用旁边的台式看了一天的比赛。
在小小的一个人空间就这样收获着一枚又一枚金牌的消息，感受着作为中国人的幸福。
也懒得再去修复，重装了一个xp。前几日触摸板的单击双击均失灵、显示器上两条水平线的问题居然都消失了——本以为是硬件作孽，没想到是windows在闹腾。
重装后立即换了Mac的主题——是再也不想见到windows，眼不见心不烦，也许这种行为很好笑。现在手头太多的工作都要依赖windows——诚然，在Linux下都有好的解决方案，但现在显然不是最适合换个操作系统的时候。
等我买了新的本本.........
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本本重装系统，用旁边的台式看了一天的比赛。
在小小的一个人空间就这样收获着一枚又一枚金牌的消息，感受着作为中国人的幸福。
Monday, August 11, 2008
BFS vs DFS的胜利
被gcc和gdb弄的走火入魔后，用perl写了一个breadth-first search。不知何处出了问题，程序从第二棵生成树不停的报错：使用未初始化变量XXX...反复审查了一下出错附近的代码，郁闷的没有发现逻辑错误。
万般无奈，开始debug。
debug到第二个连通图，查看了一下节点邻接表文件，预感此图巨大。缺乏调试的经验，只有试图遍历整个连通图来发现到底在哪个结点上出现了初始化问题。本来准备手动在白纸上把这张图画出来对照着看的，顺着邻接表文件看下去感觉此图的深度和广度均不可目测...
但是有什么办法呢。画吧。
遍历到第30多个节点的时候，已经郁闷的无以复加了，但若不是此刻突生新的想法，心底还想机械的坚持下去..
当时print了一个数组的长度，发现这个数组本来是要把遍历过的节点给删掉，结果发现数组的长度没有变化过，而初始化变量的问题恰好就在这个删除遍历节点的块里。当时建立这个数组本来是没有想到其它更好的方法，其时突然发现可以用一个已建好的散列来代替这个数组的功能。
于是改了一下，删去了大片的代码，逻辑清爽多了。结果也在几秒内算出来了。
一看结果，顿时暗自庆幸没有手工画图，第二个图有700多个结点...$%$@
Step 0 & Step 1 应该基本上结束了。看了一眼申请书（虽然已经和实际工作已经有了些不同...），15天完成了预定的4-8月的工作。其实也并没有拼命干活，只是当初写的太夸张了，难怪Prof. Lin在意见一栏里写：“……相信能在预计时间完成工作。”
这样，接下的几天，应该可以好好休息一下，看些paper，做些比较生物的东西^-^。
附：用perl写的BFS的subroutine
#------------------------------------------------------------------------------------------
# construct connected graph using BFS
sub get_network_BFS {
my($href_node_list, $href_graph) = @_;
my %node_color;
my $subgraph_id;
my(@queue, @subgraph_node);
# color all the node WHITE
# 0 = WHITE, 1 = GREY, 2= BLACK
for my $key (sort keys %$href_node_list) {
$node_color{$key} = 0;
}
# set the node as start one if WHITE
# color the start node GREY
for my $node (sort keys %node_color){
next unless $node_color{$node} == 0;
$node_color{$node} = 1;
push @queue, $node;
while(@queue) {
my $u = pop @queue;
# if one of the adjacent node of $u is WHITE
# color the node GREY
for my $i (0..$#{$href_node_list{$u}}) {
if( !$node_color{ $href_node_list{$u}[$i] } ) {
$node_color{ $href_node_list{$u}[$i] } = 1;
push @queue, $href_node_list{$u}[$i];
}
}
# when visit all the adjacent node, color it BLACK
# add $u to connected graph nodes' array
$node_color{$u} = 2;
push @subgraph_node, $u;
}
$subgraph_id++;
$href_graph{$subgraph_id} = [ @subgraph_node ];
printf "%d\t%d\n", $subgraph_id, scalar @subgraph_node;
@subgraph_node = ();
}
return 0;
}#sub get_network_BFS;
万般无奈，开始debug。
debug到第二个连通图，查看了一下节点邻接表文件，预感此图巨大。缺乏调试的经验，只有试图遍历整个连通图来发现到底在哪个结点上出现了初始化问题。本来准备手动在白纸上把这张图画出来对照着看的，顺着邻接表文件看下去感觉此图的深度和广度均不可目测...
但是有什么办法呢。画吧。
遍历到第30多个节点的时候，已经郁闷的无以复加了，但若不是此刻突生新的想法，心底还想机械的坚持下去..
当时print了一个数组的长度，发现这个数组本来是要把遍历过的节点给删掉，结果发现数组的长度没有变化过，而初始化变量的问题恰好就在这个删除遍历节点的块里。当时建立这个数组本来是没有想到其它更好的方法，其时突然发现可以用一个已建好的散列来代替这个数组的功能。
于是改了一下，删去了大片的代码，逻辑清爽多了。结果也在几秒内算出来了。
一看结果，顿时暗自庆幸没有手工画图，第二个图有700多个结点...$%$@
Step 0 & Step 1 应该基本上结束了。看了一眼申请书（虽然已经和实际工作已经有了些不同...），15天完成了预定的4-8月的工作。其实也并没有拼命干活，只是当初写的太夸张了，难怪Prof. Lin在意见一栏里写：“……相信能在预计时间完成工作。”
这样，接下的几天，应该可以好好休息一下，看些paper，做些比较生物的东西^-^。
附：用perl写的BFS的subroutine
#------------------------------------------------------------------------------------------
# construct connected graph using BFS
sub get_network_BFS {
my($href_node_list, $href_graph) = @_;
my %node_color;
my $subgraph_id;
my(@queue, @subgraph_node);
# color all the node WHITE
# 0 = WHITE, 1 = GREY, 2= BLACK
for my $key (sort keys %$href_node_list) {
$node_color{$key} = 0;
}
# set the node as start one if WHITE
# color the start node GREY
for my $node (sort keys %node_color){
next unless $node_color{$node} == 0;
$node_color{$node} = 1;
push @queue, $node;
while(@queue) {
my $u = pop @queue;
# if one of the adjacent node of $u is WHITE
# color the node GREY
for my $i (0..$#{$href_node_list{$u}}) {
if( !$node_color{ $href_node_list{$u}[$i] } ) {
$node_color{ $href_node_list{$u}[$i] } = 1;
push @queue, $href_node_list{$u}[$i];
}
}
# when visit all the adjacent node, color it BLACK
# add $u to connected graph nodes' array
$node_color{$u} = 2;
push @subgraph_node, $u;
}
$subgraph_id++;
$href_graph{$subgraph_id} = [ @subgraph_node ];
printf "%d\t%d\n", $subgraph_id, scalar @subgraph_node;
@subgraph_node = ();
}
return 0;
}#sub get_network_BFS;
Sunday, August 10, 2008
无可规避
看了递归转非递归的算法，又大致的把计算方面的思路理了下，综合了Ms. Pang和Guoj师姐的意见，觉得在后期图的计算上还是C比较有优势。即使这次连通图的问题能从非递归的方法绕过去，后期perl可能会出更多的问题。
于是开始vi+gcc的生活。
试了下环境，觉得和在Windows环境下写C差别都不大。毕竟处理的是文件，不用太多关心系统方面的问题。况且用C回去后可以用VC++继续工作（不知道为什么就是深刻鄙视windows下的perl...），计算速度方面，用一个小子集测试代码就行了。
很多时候，在顾及全局的情况下，做出选择并不是很艰难。
刚开始做出去广州的决定时，内心还是感觉突兀，也许现在才慢慢适应。如果真的被Chung-I Wu先生收纳为徒，恐怕是出国、去xxx institute都比不上的选择，也是人生至此最为幸运的事情。也许现在还有太多幼稚的顾虑，但这种幸运绝然会在今后愈来愈明显。
有时候会想做一个平凡、富足而简单快乐的人也许更适合自己，但很多时候还是深感到内心的不安分；如果真的做出这样的选择，将来一定会后悔罢。
P.S.
Prof. Lin说的对，这样一个课题还是几个人做比较好，虽然即便到现还是想不出一个合适的搭档。如果把问题分成biology和code的两部分，我肯定不想做coder，而在生科院本科生找coder 的难度可想而之...
我是一个操作系统盲，不喜欢测试环境，debug，优化代码，撰写文档，分析软件周期....
初始对coder有浓厚的兴趣，是因为在我看来coding是比做实验更为有创造性的工作。而现在每天的工作只不过是一点点创意+熟练工种。学了数据结构和算法后创意必然会更少，学了软件工程后肯定会深感工作的机械和索然无味...诚然，每一个领域的先驱和顶梁柱必然具有创造性的思想，但CS的精髓我从来都没有参悟到。
现在更乐于将自己的工作冠名于huangl的那句话：
“吴老师说，如果你要想研究生物，必需得学会编程。”
以及在CBI的一个画面：
zhangl：其实现在就是写程序写累了，做做实验放松下。
以及在香山和吴老师谈话的一个片段，在被问及我会不会做实验以及喜不喜欢做实验时，我承认自己更愿意做一些dry的工作。
Prof. Wu：怎么现在的学生都不喜欢做wet？
...
突然觉得bioinformatics是一个节点，在入度上汇集了数学、生物、计算机背景的学生，在出度上又分化为数学模型的研究与应用、生物学研究和算法开发的人。上次的一个组会上，Prof. Lin也说以后会更多的考虑和其它的实验室合作，在我看来，与其说Prof. Lin做的是纯正的bioinformatics，也许说evolutionary genomics更为合适。后者显然于我看来更为有意思。
P.S.又P.S.
涉及到信仰层次，我一点都不想做程序员，只想当个生物学家。
于是开始vi+gcc的生活。
试了下环境，觉得和在Windows环境下写C差别都不大。毕竟处理的是文件，不用太多关心系统方面的问题。况且用C回去后可以用VC++继续工作（不知道为什么就是深刻鄙视windows下的perl...），计算速度方面，用一个小子集测试代码就行了。
很多时候，在顾及全局的情况下，做出选择并不是很艰难。
刚开始做出去广州的决定时，内心还是感觉突兀，也许现在才慢慢适应。如果真的被Chung-I Wu先生收纳为徒，恐怕是出国、去xxx institute都比不上的选择，也是人生至此最为幸运的事情。也许现在还有太多幼稚的顾虑，但这种幸运绝然会在今后愈来愈明显。
有时候会想做一个平凡、富足而简单快乐的人也许更适合自己，但很多时候还是深感到内心的不安分；如果真的做出这样的选择，将来一定会后悔罢。
P.S.
Prof. Lin说的对，这样一个课题还是几个人做比较好，虽然即便到现还是想不出一个合适的搭档。如果把问题分成biology和code的两部分，我肯定不想做coder，而在生科院本科生找coder 的难度可想而之...
我是一个操作系统盲，不喜欢测试环境，debug，优化代码，撰写文档，分析软件周期....
初始对coder有浓厚的兴趣，是因为在我看来coding是比做实验更为有创造性的工作。而现在每天的工作只不过是一点点创意+熟练工种。学了数据结构和算法后创意必然会更少，学了软件工程后肯定会深感工作的机械和索然无味...诚然，每一个领域的先驱和顶梁柱必然具有创造性的思想，但CS的精髓我从来都没有参悟到。
现在更乐于将自己的工作冠名于huangl的那句话：
“吴老师说，如果你要想研究生物，必需得学会编程。”
以及在CBI的一个画面：
zhangl：其实现在就是写程序写累了，做做实验放松下。
以及在香山和吴老师谈话的一个片段，在被问及我会不会做实验以及喜不喜欢做实验时，我承认自己更愿意做一些dry的工作。
Prof. Wu：怎么现在的学生都不喜欢做wet？
...
突然觉得bioinformatics是一个节点，在入度上汇集了数学、生物、计算机背景的学生，在出度上又分化为数学模型的研究与应用、生物学研究和算法开发的人。上次的一个组会上，Prof. Lin也说以后会更多的考虑和其它的实验室合作，在我看来，与其说Prof. Lin做的是纯正的bioinformatics，也许说evolutionary genomics更为合适。后者显然于我看来更为有意思。
P.S.又P.S.
涉及到信仰层次，我一点都不想做程序员，只想当个生物学家。
Saturday, August 9, 2008
杂
昨天一群人挤在避风塘的小包房里看开幕式，多年不见的点点及其中科大的同学，大头及其清华的同学，及其这些同学的初中同学以及女朋友...浪漫的创意和冗长的各国代表团入场仪式后，点燃圣火成了整晚的最高潮。下一个瞬间，就是一脸困意的我在五道口的大街边等着拦车回去。
今天一整天没做正事，守着UUSEE看直播。现在觉得不能再这么休闲了，白天挑几场重大赛事看，晚上回去看看录像和总结节目足矣。自从用perl写的计算连通网络的程序出了deep recursion的问题，已经意志消磨两天了。面临的选择是：用C重写一个程序，或者把递归算法改成非递归算法。目前还是倾向于后者。gcc我从来没有用过，现在也没有心思速成在Linux下写C。
算出两个物种的连通图数目后准备把手头的计算工作停一下，整理一下思路，看看新的paper。本来觉得月底去SYSU的面试没什么大问题；但最近听说Prof. Wu和人交流时，一般人都跟不上他的思路，觉得还是要好好准备一番，毕竟吴伯伯是个大科学家。前几天碰到林老师，简单交流了一些，似乎他对我的进度每什么大的意见，但其实我心里明白自己还没有卯足劲去做（按zhouxt师姐的话：“如果不是玩游戏，我一星期就把程序写完了”）。
#------------------------------------------------------------------------------------------------
明天晨成小朋友过生日~这小朋友习惯过阴历生日，所以每次还得麻烦的换算。不过也不知道下一次生日会不会和她一起过。
被请吃了饭，其间还敲诈了她的一枚志愿者手环。小朋友昨天在场外做志愿者时，和Kobe小小的击掌了一下，今天仍很兴奋，还强烈要求我沾染一下仙气。就当能给以后打篮球带来好运罢。
虽然我觉得，小朋友打篮球从来不需要额外的运气成分....
今天一整天没做正事，守着UUSEE看直播。现在觉得不能再这么休闲了，白天挑几场重大赛事看，晚上回去看看录像和总结节目足矣。自从用perl写的计算连通网络的程序出了deep recursion的问题，已经意志消磨两天了。面临的选择是：用C重写一个程序，或者把递归算法改成非递归算法。目前还是倾向于后者。gcc我从来没有用过，现在也没有心思速成在Linux下写C。
算出两个物种的连通图数目后准备把手头的计算工作停一下，整理一下思路，看看新的paper。本来觉得月底去SYSU的面试没什么大问题；但最近听说Prof. Wu和人交流时，一般人都跟不上他的思路，觉得还是要好好准备一番，毕竟吴伯伯是个大科学家。前几天碰到林老师，简单交流了一些，似乎他对我的进度每什么大的意见，但其实我心里明白自己还没有卯足劲去做（按zhouxt师姐的话：“如果不是玩游戏，我一星期就把程序写完了”）。
#------------------------------------------------------------------------------------------------
明天晨成小朋友过生日~这小朋友习惯过阴历生日，所以每次还得麻烦的换算。不过也不知道下一次生日会不会和她一起过。
被请吃了饭，其间还敲诈了她的一枚志愿者手环。小朋友昨天在场外做志愿者时，和Kobe小小的击掌了一下，今天仍很兴奋，还强烈要求我沾染一下仙气。就当能给以后打篮球带来好运罢。
虽然我觉得，小朋友打篮球从来不需要额外的运气成分....
Wednesday, August 6, 2008
Tuesday, August 5, 2008
Traversal
曾经以为人生中最为珍视的华师一的日子，回忆却在大学生活的洗涤下越来越难以遍历。
经常执意认为那是因为某个断点承担了太多的重量，以至于记忆成为非连通图，遗失成没有索引的片段。
昨日的朋友小聚，却抖索出了无数的回忆。
高中生活，具有大学生活无法承载的纯度和理想度。
尤其是对梦想而言。
屡次回顾《永远的华师一》，最深刻的画面永远是青楼下的小黑板上
“华师一，学子圆梦的地方”
高中时刻的梦想，是多么的单纯而无所顾忌。
好的大学，人生所能抵及的最高的象牙塔。
成为一个出色的人，而不是一个出色的环境洞察者。
我似乎在最近的这两个月忘记了是什么在大学的两年多使我如此的坚定。
以至于在纷乱的选择中第一次有迷失和疲劳感。
所幸，在最重要的时刻还能再一次想起。
谢谢你们，大头，rainy，以及许许多多的hsyer。
经常执意认为那是因为某个断点承担了太多的重量，以至于记忆成为非连通图，遗失成没有索引的片段。
昨日的朋友小聚，却抖索出了无数的回忆。
高中生活，具有大学生活无法承载的纯度和理想度。
尤其是对梦想而言。
屡次回顾《永远的华师一》，最深刻的画面永远是青楼下的小黑板上
“华师一，学子圆梦的地方”
高中时刻的梦想，是多么的单纯而无所顾忌。
好的大学，人生所能抵及的最高的象牙塔。
成为一个出色的人，而不是一个出色的环境洞察者。
我似乎在最近的这两个月忘记了是什么在大学的两年多使我如此的坚定。
以至于在纷乱的选择中第一次有迷失和疲劳感。
所幸，在最重要的时刻还能再一次想起。
谢谢你们，大头，rainy，以及许许多多的hsyer。
Saturday, August 2, 2008
Graph模块的安装方式
没有自己的root用户+对操作系统基本不懂，导致上次安装Emboss完全失败，这次也不得不打起精神makefile。
在命令行键入
在命令行键入
perl Makefile.PL PREFIX=/users/CMB_Home/lvy/lib提示
Writing Makefile for Graph运行测试程序时，报错如下：
Can't locate Graph/AdjacencyMap.pm in @INC (@INC contains: /users/home/st_wuy/perl_script/course /usr/lib/perl5/5.8.0/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.0 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.0/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.0 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib/perl5/5.8.0/i386-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.0 .) at Graph.pm line 13.经zhouw师兄指点，键入：
BEGIN failed--compilation aborted at Graph.pm line 13.
Compilation failed in require at test_graph.pl line 6.
BEGIN failed--compilation aborted at test_graph.pl line 6.
find /users/CMB_Home/lvy/lib -name '*.pm'输出结果
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/AdjacencyMap/Heavy.pm修改.bashrc文件配置
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/AdjacencyMap/Light.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/AdjacencyMap/Vertex.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/AdjacencyMap.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/Attribute.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/AdjacencyMatrix.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/Directed.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/SPTHeapElem.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/TransitiveClosure/Matrix.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/Matrix.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/BitMatrix.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/TransitiveClosure.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/MSTHeapElem.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/Traversal.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/Traversal/BFS.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/Traversal/DFS.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/Undirected.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph/UnionFind.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Graph.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Heap071/Elem.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/Heap071/Fibonacci.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/t/MyDGraph.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/t/MyGraph.pm
/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/t/MyUGraph.pm
export PERL5LIB=/users/CMB_Home/lvy/lib/Graph-0.84/lib/.bashrc:$PERL5LIB测试成功。
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