BIG 1 Week

毕设的题目终于定下来了：基于新一代测序技术（SOLiD）的全基因组序列拼装技术。前几天吴老师说想把中大那边刚出来的水稻和红树的数据给我分析，但生物信息部的老师们讨论了下觉得数据量太大，而且没有具体的问题可供讨论分析，所以安排给我这样一个题目。虽然看起来写一个assembler不那么“生物”，可是对我而言做实验也是不生物的事情，毕竟都已经把人家打开并且把DNA亦或是蛋白给提出来了。这次要用BIG的平台拼一个细菌和一个真菌的基因组，assemble的过程会用到很多的算法，接到这样一个题目肯定能得到很好的训练。

以前没去BIG之前总以为BIG塞满了各种各样高通量的测序仪，周二吴老师来师大宣讲时才发现除了solexa以外只有一台SOLiD，454还在中大那边。其实也不奇怪，SOLiD是07年才上市的测序仪，跑完一个人类的基因组只需要三天，根本无需那么多仪器。一台SOLiD需要600,000刀，多买了如果没有材料放进去完全是在烧钱。然而BIG的计划是会再买几台SOLiD，毕竟国家还是拨了很多钱投入基因组学的研究。

这几天一直都是Devan在带我，毕设也应该是他指导了（不知道他起这样一个名字是不是喜欢梵高）。Devan一直都很关照我，对于我这种交流被动性的人很适合= =（啊，其实我只是认生而已）。来的这几天已经学到不少东西，今天基本上已经用velvet把SOLiD测序出来的短片段拼出来了。Velvet是EBI写的一个拼接SOLiD短片段的程序，今年2月刚刚发表在Genome Research上，之前我一直以为计算能发表的最高的刊物是Nucleic Acid Research，不过能发GR应该多多少少是和EMBL-EBI有关。我觉得Devan不会要求我能发表什么文章，只要安安全全的把基因组拼对就行了~可是我想自己发的第一篇文章一定要是SCI。

吴老师周二宣讲了一些对Genomics的前瞻。其实从BIG和BGI（华大基因）分家也许就意味着国内基因组学研究理论和技术的分家。11月在Nature上发表的第一个亚洲人二倍体基因组测序结果主要都是华大做的，领衔的Dr. 王俊现在也不在BIG的旗下。 现在任何一本基因组学的书花了很大的篇幅在测序、组装、基因组注释（sequencing & assembly & annotation），其实这和分子克隆实验手册一样，protocol是不应该写进理论教科书的。也许不久，对于一些技术层次的东西，基因组学的标准教程只会在开头介绍一些最基本的原理，然后马上进入到更有意思更生物的东西。吴老师马上要开展的的cancer cell evolution & human cell community不仅会为BIG铺上更生物的外衣，也会带来更有活力的本质性的东西。现在基因组学需要很多开创性的研究来作为基石，我想很多研究所都在孕育这些新的东西。

“如果给你免费测10G的序列，你会用它来干嘛？”

12月的Science American讲了一个非常有吸引力的问题：HIV病毒的进化。作者通过计算HIV基因组的进化速度建立数学模型来说明人体的免疫系统为什么不能击败HIV。 计算结果表明HIV十年的进化速度相当于人类100万年的进化速度。一直以来，讲到进化就会直接联系到比较大的时间尺度，其实进化生物学家在思考的一直是变化的东西。仅仅从这方面讲evolution就不应翻译为“进化”而应该是“演化”。HIV和人的对抗是一个非常适合用进化思想来理解的问题：单链RNA + 逆转录酶的高错误率首先使HIV从化学本质上就易发生突变（HIV由两条相同的单链RNA组成）；其次，HIV的基因组较小（9.7kb），这样突变发生在抗原表位上的概率就比其它的细菌或真菌要大的多，一旦突变发生在抗原表位上，使人体免疫系统不能识别抗原表位，该种HIV就会大量吞噬辅助T细胞从而击溃免疫系统。HIV和人的关系是一个非常规生态关系，HIV甫进入人体时抗原表位是可能被免疫系统识别的，这时HIV是有可能被免疫系统识别且抑制的（这也是因为有些人的AIDS潜伏期较长的原因之一），这个时候免疫系统是捕食者（predator）；然而一旦HIV形成了不能被免疫系统识别的突变体，自身就成了强力的predator而且会指导T细胞攻击辅助T细胞，免疫系统的能力很快就会下降至零。其实这样的问题和Genomics是绝配，如果我们连续抽取AIDS病人中的HIV病毒并且测序，通过序列的变化来分析HIV病毒的进化，这样的分析是很有必要的。基因组学能给我们带来的东西将远超我们想象所及。

Java First Day

装了JDK1.6，修改环境变量配置：

右键我的电脑，属性->高级->环境变量->系统变量；

新建变量JAVA_HOME，变量值为Java安装路径（我的是 D:\Development\Java\jdk1.6.0_02）
修改PATH，变量值：%java_home%\bin;%java_home%\jre\bin
修改CLASSPATH，变量值：.;%java_home%\lib;%java_home%\lib\tools.jar

Done.

检查Java是否安装好，在命令提示行键入java -version，显示版本号。

结果程序仍然不能编译运行。

仔细检查一下，两个及其弱智的错误..



代码中声明的class是MyFirstApp，结果文件名写成了MyFisrtApp.java；

修改后编译成功，运行：




主要是按tab键自动补充就成了
java MyFirstApp.class
正确的是
java MyFirstApp

如此低级错误，唉..

开始好好学Java。